PUMA - Cluster Linux
Características
O Cluster PUMA é constituido por 59 servidores DELL PowerEdge 1950, com 2 Xeon 5430 (8 cores de 2,66 GHz), 16 GB de RAM DDR2-FBDIMM 667 MHz, e com 300 GB de disco SAS cada.
Detalhes
Sistema de Filas
torquePBS + Maui(escalonador)Informações Úteis
Os seguintes comandos são úteis:
- qstat -a (visualizar todos os jobs presentes no servidor)
- qstat -q (exibir as filas existentes)
- showq (situação dos jobs na fila)
- checkjob (exibir a situação do job com identificação job_id)
Em /scratch/programas/intel/ serão encontrados todos os programas compilados com o icc e o ifort da intel.
Caso necessite, edite o seu ~/.bashrc para especificar variáveis de ambiente e faça o logout, pois elas serao recarregadas no próximo login.
Use o mpi-selector-menu para escolher a implementação de MPI que desejas utilizar. Recomendamos openmi-1.4-O3-intel64-torque. Não selecionem lam sob nenhuma hipótese
Grave todos os seus arquivos em /scracth/seu_login. Execute todos seus jobs a partir de diretorios dentro de /scracth/seu_login
Os codigos paralelos, aqueles que rodarao com mpirun no sistema de filas, deverao ser compilados com os compiladores "paralelos" correspondentes. Isto é, mpicc para C e mpif90 para fortran90.
Cada usuário poderá ter 50 jobs rodando na fila long.
Para alterar a senha utilizem "yppasswd".
Os seguintes links podem auxiliar a compreender o funcionamento dos comandos básicos.
- http://hpc.sissa.it/pbs/pbs-2.html (seção 2.1 até 2.13)
- http://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-apps
- https://computing.llnl.gov/tutorials/parallel_comp/
- https://computing.llnl.gov/tutorials/linux_clusters/
- http://www.advancedlinuxprogramming.com/alp-folder/
- http://www.nas.nasa.gov/hecc/support/kb/Lustre-Best-Practices_226.html (considere que trabalhamos na puma com 02 OSS, cada um com 01 OST. O /scratch e o /puma_data utilizam o volume Lustre)